Les quatre participants, responsables et techniciens de laboratoire, durant la formation.
Depuis le 21 octobre, les quatre participants, responsables et techniciens de laboratoire, suivent une formation complète, dont la partie théorique est dirigée par la Fondation Mérieux, et la partie pratique enseignée par l’Anses. Cette formation vise à renforcer les compétences locales autour Séquençage Nouvelle Génération (Next Generation Sequencing – NGS) et de la bio-informatique.
En effet, le NGS fournit une importante quantité d’informations et une grande résolution pour le sous-typage des agents pathogènes. L’application du NGS à la surveillance peut fournir des informations sur l’émergence et la propagation précoces de la résistance antimicrobienne (RAM) et alerter pour mettre en place des mesures de contrôle.
Les données de séquençage peuvent également fournir des informations clés pour guider le développement d’outils de diagnostic rapide pour une caractérisation plus efficace et plus rapide de la RAM, et ainsi compléter les méthodes phénotypiques.
Afin de pouvoir analyser toutes ces données générées par le NGS, des compétences en bio-informatique sont indispensables.
La formation a donc permis de répondre aux objectifs suivants :
- Comprendre les différentes techniques de Séquençages Nouvelle Génération (Next Generation Sequencing – NGS)
- Exploiter des outils bio-informatiques de base à l’aide de la plateforme Galaxy
- Analyser des données de séquençage Illumina et MinION d’isolats bactériens.
A l’issue de cette session, qui s’est terminée le 30 octobre, des questionnaires d’évaluation des connaissances ont été proposés pour valider les compétences acquises.
Cette initiative s’inscrit dans le programme « Fellowship Scheme » du Fleming Fund, qui a pour but d’améliorer la qualité et la quantité des données de surveillance de la résistance aux antimicrobiens en utilisant une approche One Health, et d’améliorer le reporting, le partage et l’utilisation des données de surveillance au niveau local, national et mondial. Pour cela, il met en œuvre un programme de formations via un mentorat, qui vise à renforcer les capacités des professionnels de la santé en microbiologie et épidémiologie.
Ce partenariat de la Fondation Mérieux et de l’ANSES s’inscrit dans les collaborations académiques nationales initiées en 2020. En effet, la Fondation a réaffirmé sa volonté de s’appuyer sur les écosystèmes scientifiques locaux pour accélérer le transfert de l’innovation vers les pays du Sud et renforcer les capacités de recherche des pays où elle opère. Des collaborations stratégiques avec des chercheurs académiques ont ainsi été établies sur trois thématiques clés, notamment avec l’Anses sur la thématique AMR.
A propos du Fleming Fund
Le Fleming Fund est un investissement de £265 millions d’aide britannique afin de lutter contre la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans 24 pays à revenu faible ou intermédiaire en Asie et en Afrique sub-saharienne. Le programme est géré par le ministère britannique de la Santé et des Affaires sociales (UK Department of Health and Social Care (DHSC)), en partenariat avec Mott MacDonald, l’Agent de Gestion.