Depuis 2007, la Fondation Christophe et Rodolphe Mérieux décerne chaque année un Grand Prix scientifique, intitulé « Prix Christophe Mérieux » à un chercheur ou à une équipe de recherche, étudiant les maladies infectieuses dans les pays en développement.
La sélection du lauréat est faite par l’Institut de France sur proposition de la Fondation Mérieux, qui soumet à l’Institut des personnalités identifiées sur le terrain.
Ce prix est destiné à aider la recherche sur les maladies infectieuses dans les pays en développement et récompenser de façon exclusive des équipes de recherche travaillant de manière permanente au sein même de ces pays.